L’Isola Bella, considerata la Perla del Mediterraneo, rappresenta un’area di straordinaria bellezza, dichiarata, nel 1984, monumento di interesse storico-artistico di particolare pregio; nel 1998 è stata istituita la Riserva naturale orientata “Isola Bella” al fine di tutelarne il particolare valore paesaggistico; nel 2005 è stata inclusa tra i Siti di Interesse Comunitario (SIC). Il tratto di mare prospiciente la riserva è stato individuato come Sito di Interesse Comunitario denominato “Fondali di Taormina – Isola Bella” caratterizzato da praterie sottomarine di Posidonia oceanica, habitat prioritario di conservazione. Attualmente la gestione della riserva è affidata al Cutgana, centro di ricerca dell’Università di Catania. 

 La riserva conserva elementi naturalistici esclusivi, come la  piccola lucertola dalla tipica colorazione rossa del ventre, Podarcis sicula medemi, descritta come sottospecie endemica dell’Isola Bella, e numerose essenze floristiche di rilevante interesse scientifico, come Dianthus rupicola subsp. rupicola (Garofano rupicolo), Brassica incana (Cavolo biancastro), Lomelosia cretica (Vedovino delle scogliere), Micromeria consentina (Issopo di Cosentini), Ballota hispanica (Cimiciotta spagnola). In particolare, sono da evidenziare Limonium ionicum (Limonio ionico), specie alofila delle scogliere endemica esclusiva dell’Isola Bella, Capo Taormina e Capo S. Andrea  e Colymbada tauromenitana, specie rupicola endemica esclusiva di Taormina (meglio conosciuta come fiordaliso di Taormina). Tra le specie di uccelli legate all’ambiente marino è da segnalare la presenza del raro Gabbiano corso Larus audouinii, endemismo mediterraneo fortemente localizzato. Si osserva inoltre abitualmente, in periodo autunno-invernale il Beccapesci Sterna sandvicensis e il Martin pescatore Alcedo atthis. Gli ambienti rocciosi, con le imponenti pareti verticali, sono invece l’habitat ideale per il Falco Pellegrino Falco peregrinus.

La riserva offre, inoltre, un ambiente marino di grande varietà con fondali ricchi di pesci legati agli ambienti rocciosi come i saraghi, l’occhiata e giovani cernie. I fondali rocciosi della baia presentano la fanerogama Posidonia oceanica, distribuita irregolarmente (“a macchia di leopardo”) e, più in superficie, le alghe brune Cystoseira amentacea e C. brachycarpa. Notevole è la presenza dei molluschi bivalvi Pinna nobilis (Pinna comune) e Lithophaga lithophaga (Dattero di mare). Di grande bellezza le grotte sommerse, prima fra tutte la Grotta azzurra, con specie tipiche degli ambienti profondi, spesso di grande bellezza e colori accesi, come spugne, briozoi e i piccoli coralli solitari Parazoanthus axinellae (Margherita di mare) e Astroides calycularis (Madrepora arancione).